见此情况明陕西三边总督：洪承畴，连忙上奏道“入陕猖獗之贼，大抵可有十四五万，明知官军一二万不能四驰，才持其势众旁伏递进，使其剿贼之难，且贼多精骑，每跨双马，而我官军才马三步七追逐之难！贼攻堡掠野到处可资，官军待饷转连，则粮刍之难，贼入山负嵎，官兵相持一日，即坐误一日，则时日之难，且请盐课提举司发放银三十万，交与靖虏卫曹指挥使，让我军鼓其敌忾。”
这时流寇们到凤翔府宝鸡县，以借口称奉督抚之令招安想混入城内，守城明军们知其诈不敢开门，只敢放下吊桥用篮子拉他们上来城楼，先登城的36人尽杀之，其余流寇们则尽数撤离。
事后明五司总督因借为辞，上奏弹劾地方官绅阻挠剿抚以激上怒，在命南镇抚司锦衣卫缇骑（校尉）逮捕明宝鸡县知县：李嘉彦，以及凤翔府乡绅员外郎：孙鹏，等五十人下刑部大狱。
8月12日，明五司总督发缴各镇兵四万五千人，开赴河南承宣布政使司，而中原流寇们入侵开封府禹州、许州、长葛县，之间，流寇十三营阵地在河南府永宁县、卢氏县一带，大有向山东承宣布政使司东进以诱降官军东出，在谋袭开封府首府祥符县为目地。
此举让开封府封地古稀之年，年近71岁的明周端亲王：朱肃溱，听到流寇大规模活动劫掠藩地亩产以及州县之时，暴跳如雷因此卧病在床！
在陕西承宣布政使司的流寇们则复陷凤翔府陇州，还屯兵在州城内，明西安府副总兵：贺人龙，听闻消息后立刻发兵支援凤翔府陇州包围州城。
流寇们到处收揽势力有；暴民、凶徒、山贼、叛军，挑精壮士为前锋，还收城内的妇女老弱纳为妻妾，紧急时刻用来饵引官军，故此明军在围剿之际经常以百姓冒充流寇，俗称（杀良冒功！）
之后明五司总督上报降贼流寇名单有；一万三千八百人、斩首将领十人，其余流寇被遣还原籍。
剩下的流寇先是被明陕西三边总督追逐，逃窜到汉中府，在让四川承宣布政使司明军扼守巴蜀诸关，让流寇们无从掠夺食物，困守在陕西承宣布政使司汉中府兴安守御千户所车厢峡地区。
由于饥饿使得断粮之后的流寇，在闯王（高迎祥）的提议下诈降明军，但他们迫于明陕西三边总督：洪承畴，都是杀害投降流寇的，故此流寇们选择了投降明五司总督：陈奇瑜，有数万人来降，史称「车厢峡之战」。
这让明五司总督很是高兴，他专门负责招抚受其降，还檄榜诸军按兵不动，在遣官监护官保护降者，因诸盗流寇未受大创，本无降意只是由于饥饿，困于险地罢了！
待明五司总督的檄榜所过各州府县卫所，把粮食传送到饥民手中享用之后，便出官道脱离险境，数万流寇渐渐不受控制，仍造反从事杀掠。
继续造反的流寇们所过之地，尽杀监护官五十员，并攻陷了凤翔府麟游县、西安府永寿县，势不可挡也！
其中农民军：闯将（李自成）还在西安府永寿县劫掠得民妇：邢夫人，因邢夫人长得端庄大方且又是富贵人家子女，知书达礼深得闯将（李自成）喜爱。
再加上邢夫人是被俘虏过来的，因害怕被杀故此只得暂时听从命令。
8月24日，流寇们又出动攻陷了陕西承宣布政使司平凉府灵台县、崇信县、华亭县、泾州，等地劫掠粮食。
明五司总督立刻赶至汉中府凤县，见到流寇们又再起复起且遍布各地，北接庆阳府、西至巩昌府、西北至西安府邠州、长安县、西南则盩厔县、宝鸡县，拥兵二十万，让他后悔当初没有在「车厢峡之战」中早些出兵剿灭！现在分兵出御已经晚了，明军兵力根本不如流寇多，只能依靠火器布阵出战方有胜算。
9月初8日，中原流寇二十营一起出动劫掠，兵锋西至河南承宣布政使司河南府新安县函谷新关一带，东至怀庆府孟县，连营屯兵百余里，部分陕西流寇连营设在西安府雒南县、河南府阌乡县、凤翔府扶风县。
致使明秦景亲王：朱存机、明郑灵亲王：朱翊钟、明福恭亲王：朱常洵，三位藩王有些惶恐不安！
这时朝廷下令让明都察院陕西道监察御史：吴甡，代山西巡抚之职，而河南承宣布政使司流寇东至湖广承宣布政使司黄州府蕲水县，大队人马尽入黄州府黄梅县、广济县。
迫使湖广承宣布政使司黄州府蕲州的藩王，明荆简亲王：朱慈烟，封地受到流寇们劫掠，明荆简亲王下令荆亲王府仪卫司、荆亲王府群牧所、荆亲王府护卫指挥使司（蕲州卫）加强防御。
兵部急檄榜文让河南都指挥使司明军入西安府同州、华阴县，负责剿贼，湖广行都指挥使司明军则入西安府商州、雒南县，负责剿贼，四川都指挥使司明军入汉中府兴安守御千户所、平利县，负责剿贼，山西都指挥使司明军入西安府韩城、蒲州，负责剿贼。
流寇听闻消息后大乱，陕西承宣布政使司农民军们立刻分兵三路；一路由汉中府凤县攻打汉中府首府汉中卫以及南郑县，又一路出汉中府宁羌州略阳县由阳平关入四川承宣布政使司保宁府梓橦县、剑州，最后一路由汉中府宁羌州入四川承宣布政使司保宁府犯广元县。
接着明陕西三边总督：洪承畴，派遣了明汉中府副总兵：左光先，援救凤翔府陇州，替明西安府副总兵：贺人龙，解围。
10月13日，明陕西巡按兼都察院右副都御史：傅永淳，上奏道“商雒两县降盗陷城破邑，所在骚扰，皆由五司总督陈大人主端招降所至，以谓盗已革心？不许道途讯诘，故州府官吏不敢问，便开门揖盗，致使剿抚两妨，皆由陈大人之流毒也。”
正巧明山西巡抚：吴甡，也上奏道“招安流盗最宜慎重，彼狼子野心势难驯服，况且边地穷荒，芜居无食仅曰免死，遂甘心易虑乎哉！”
让明毅宗：朱由检，对明五司总督：陈奇瑜，开始怀疑能力命他待罪立功。
同时河南承宣布政使司农民军：扫地王（张一川）、太平王，以及湖广承宣布政使司黄州府等部流寇东进，打算往南直隶方向靠近。
流寇们大肆从归德府永城县、鹿邑县、黄州府黄梅县、罗田县，进入南直隶分掠安庆府潜山县、太湖县、宿松县，别部农民军活动在开封府陈州、河南府灵宝县，一带。
另一面的湖广承宣布政使司流寇们，则从襄阳府宜城县官道，南下兴都留守司承天府进逼显陵卫而来，明军出动之际流寇们就遁入京山县山中。
此时大批流寇依旧占据陕西承宣布政使司地区，毕竟是家乡流连忘返也是常事，其中农民军：老回回（马守应）屯兵在西安府武功县。
由于陕西承宣布政使司被招降的流寇们，复起造反声势浩大，所以明五司总督：陈奇瑜，就把责任推卸给了明陕西巡抚：练国事，使得练巡抚被逮捕下狱！
朝廷命明都察院左佥都御史：李乔，代替陕西巡抚职位，率领明军出击三次打败流寇于西安府华阴县、河南府潼关卫，之间斩首流寇一千二百人。
11月15日，明五司总督再次请抚各镇分地之内流寇，但是流寇们却利用此机会，打不过就投降，有实力又造反，搞得明军们焦头烂额！
恰好又遇到河南承宣布政使司与湖广承宣布政使司的流寇们，继续流窜入南直隶攻克了庐州府英山县、霍山县，致使明毅宗大怒下令削去陈奇瑜的五司总督职位。
12月初1日，朝廷圣旨到晋封剿贼有方的明陕西三边总督：洪承畴，为兵部尚书衔，负责总督河南都指挥使司、山西都指挥使司、陕西都指挥使司与陕西行都指挥使司、湖广行都指挥使司与湖广都指挥使司、大宁都指挥使司，五司军务其陕西三边总督官衔依旧如故。
之后陕西行都指挥使司西宁卫由于漠南蒙古察哈尔部南下过掠，南逃入朵甘都指挥使司答思麻万户府，明五司总督兼陕西三边总督兵部尚书：洪承畴，害怕有责任便斩杀了明西宁卫指挥佥事：李挚，打算叛乱。
结果明五司总督兼兵部尚书：洪承畴，立刻还军让陕西行都指挥使司驻军南下防止西宁卫叛军脱逃，叛军则分兵攻打陕西行都指挥使司凉州卫、永昌卫，被甘肃总镇治下的甘州左卫、甘州右卫、甘州前卫、甘州后卫、甘州中卫，这5卫出兵平定叛乱。
于是明五司总督兼兵部尚书就从陕西行都指挥使司甘肃总镇回师东行，流寇听闻杀人不眨眼的洪军门将至，纷纷率部东逃分道尽入河南承宣布政使司。
而明援剿副总兵：左良玉，则移军到河南承宣布政使司河南府渑池县、明开封府左参将：陈永福、明四川副总兵：邓玘，在怀庆府济源县斩杀了流寇贼首：紫金梁（王自用）之后明军会师南阳府各方战绩颇有斩获。
至于山西承宣布政使司黄河一带的流寇，大多数由官道北逃到山西行都指挥使司大同府灵丘县、广灵县，来回奔走于五台山，陕西承宣布政使司西安府、湖广行都指挥使司郧阳府各处告警，逼得刚入兴都留守司承天府的流寇们举兵东下常德府。
让大同府封地的明代安亲王：朱彝㬎、以及常德府的明荣灵亲王：朱慈照，分别加强了山西行都指挥使司代亲王府仪卫司、代亲王护卫指挥使司（大同前卫、大同后卫）有一卫留守都司府，以及荣亲王府护卫指挥使司、荣亲王仪卫司、荣亲王群牧所，等处藩王机构防御。
（本章完）
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